Фамилия Афиногентов — одна из тех, что сразу выдают книжное, а не народное происхождение. В её основе лежит крестильное имя Афиноген, которое переводится с греческого как «потомок богини Афины». Но в фамилию легла не каноническая форма, а её просторечный вариант — Афиногент. Именно от него с помощью стандартного патронимического суффикса -ов и образовалась фамилия: Афиногентов буквально означает «сын Афиногента».

Ключевая деталь, которая выделяет эту фамилию из ряда других, — её связь с церковной и семинарской средой. Имя Афиноген было редким в народном быту, зато его охотно давали в духовных училищах и семинариях. Там, начиная с XVIII века, будущим священникам нередко присваивали «искусственные» фамилии — от имён античных героев, философов или греческих святых. Афиногеновы, скорее всего, ведут род от выходцев из духовного сословия, а не от крестьян или купцов.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность (чей? — Афиногентов). Однако сам корень интереснее, чем кажется. В греческом оригинале имя звучит как Афиногенос, где вторая часть (генос) означает «род», «происхождение». То есть имя — не просто красивое сочетание, а указание на божественное родство. На русской почве имя обросло просторечной вставкой -т-, что типично для адаптации длинных греческих имён (сравните с Афанасий — Афанасиев, но в народе — Афанасьев).

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России, где было сильнее влияние церковных школ. Встречается она нечасто, что подтверждает её искусственное происхождение: это не крестьянская фамилия, возникшая стихийно, а книжная, присвоенная в определённой среде. Если ваш предок носил фамилию Афиногентов, с высокой вероятностью он был либо священником, либо сыном диакона или причетника, получившим фамилию при поступлении в семинарию.