Фамилия Афиногентова образована от крестильного имени Афиноген. В переводе с греческого оно означает «потомок богини Афины». В основу фамилии легла не каноническая, а просторечная форма имени — Афиногент. Это не опечатка и не ошибка: в русской бытовой традиции имена нередко «наращивали» дополнительный слог или окончание, подгоняя под привычный звуковой строй. Так Афиноген превратился в Афиногента, а от него уже пошла фамилия.

Модель образования здесь самая распространённая для русских фамилий: суффикс -ов присоединялся к основе, указывая на принадлежность («чей?» — сын Афиногента). Женская форма Афиногентова закрепилась как родовое имя для всей семьи, хотя исторически сначала возникла мужская — Афиногентов.

Имя Афиноген встречалось в святцах, но никогда не было частым. Носила его в основном церковная и монашеская среда, а также крестьяне и мещане, получившие имя при крещении. Географически фамилия тяготеет к центральным и южным губерниям России, где традиционно сильнее были греческие влияния через церковные книги. Известных носителей с этой фамилией в истории немного — это редкий случай, когда исходное имя не стало массовым, а значит, предки нынешних Афиногентовых почти наверняка были либо выходцами из духовного сословия, либо жителями небольшого региона, где это имя прижилось локально.