Фамилия Анфиногентова образована от просторечной формы крестильного имени — Анфиногент. В основе лежит каноническое имя Афиноген, которое пришло из греческого языка и означает «потомок богини Афины». Именно народная, разговорная версия Анфиногент, а не книжная Афиноген, стала непосредственным источником фамилии: так на Руси чаще называли детей в быту, и эта форма закрепилась в родовом имени.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий: он отвечает на вопрос «чей?» и обозначает принадлежность потомка. Анфиногентова буквально значит «дочь (или жена) Анфиногента». В женском роде фамилия закрепилась за женщинами, а мужской вариант — Анфиногентов — носили мужчины. По сути, это отчество в третьем поколении, которое со временем стало наследственным.

Географически фамилия редкая и встречается в основном в центральных и северных регионах России, где старообрядческие и крестьянские семьи дольше сохраняли архаичные формы имён. Имя Афиноген было популярно в среде духовенства и крестьянства, но просторечная форма Анфиногент — более низовая, народная, что указывает на происхождение рода из крестьянской или мещанской среды, а не из дворянской.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Афиногенов, Финогенов, Феногенов — показывает фонетические изменения, типичные для русских говоров: замена «фи» на «хви» или «анфи», выпадение начального слога. Анфиногентова стоит в этом ряду как наиболее полная и архаичная форма, сохранившая приставку «Ан-» и окончание «-ент». Такая вариативность — не ошибка, а живой след народной этимологии и диалектного произношения.