Основой фамилии Анфиногентов послужило мирское имя Афиноген. В основе фамилии Анфиногентов лежит крестильное имя Афиноген (в переводе с греческого – «потомок богини Афины»). Основой же для фамилии послужила его просторечная форма Анфиногент. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Анфиногент, со временем получил фамилию Анфиногентов.