Фамилия Афиногеев образована от имени Афиногей — народной формы крестильного мужского имени Афиноген. В переводе с греческого это имя означает «потомок богини Афины». Небесным покровителем имени считается священномученик Афиноген, пострадавший за веру в начале IV века. Таким образом, предок носителя фамилии был человеком, которого в быту звали Афиногей, а его потомки со временем закрепили за собой отчество в виде фамилии на -ев.

Словообразовательная модель здесь проста: к основе Афиноге- добавлен типичный русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Афиногеев). Интересно, что полная церковная форма имени — Афиноген — дала бы фамилию Афиногенов, но в народной среде имя сократили до Афиногей, отчего возник именно этот вариант. Такое «усечение» встречается и в других фамилиях, например, Евсеев от Евсевий или Артамонов от Артемий.

Поскольку имя Афиноген было редким даже в среде духовенства, фамилия Афиногеев встречается нечасто. В основном она бытовала в центральных губерниях России, где крестьян и мещан записывали по имени отца. Социального статуса фамилия не отражает: её могли носить как священники, так и крестьяне, если в роду был кто-то с таким именем. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит эту модель к «патронимическим фамилиям от канонических имён в народной форме» — то есть к типу, где исходное имя упростили для повседневного произношения.