Основой фамилии Афиногеев послужило имя Афиногей. Имя Афиногей представляет собой вариант крестильного мужского имени Афиноген, которое в переводе с греческого означает «потомок богини Афины». Одним из покровителей имени считается священномученик Афиноген. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Афиногей, со временем получил фамилию Афиногеев.