Фамилия Афиногеева образована от мужского имени Афиногей — просторечной формы крестильного имени Афиноген. В переводе с греческого «Афиноген» означает «потомок богини Афины». Такое значение связано с древнегреческой мифологией: Афина — богиня мудрости и справедливой войны, покровительница ремёсел и городов.

В русской традиции имя Афиноген стало известно благодаря священномученику Афиногену, епископу Севастийскому, который почитается православной церковью. Однако в быту, особенно в крестьянской среде, полное церковное имя часто сокращали или переделывали на свой лад. Так появилась форма Афиногей — более простая для произношения и запоминания. Именно от этого народного варианта и пошла фамилия.

Модель образования фамилии типична для русского севера и центральных областей: к основе имени прибавили суффикс -ев (после мягкого согласного «г»). Фамилия Афиногеева означает «дочь (или жена) Афиногея», а исторически — «потомок человека по имени Афиногей». Мужской вариант — Афиногеев — встречается реже, но образование у них общее.

Интересно, что фамилии на -еев от имён греческого происхождения не так часты, как, скажем, от славянских или библейских имён. Это делает Афиногеевых носителями редкого антропонима, который напрямую отсылает к античной культуре. В документах XIX века фамилия фиксировалась преимущественно в Вологодской и Архангельской губерниях, что подтверждает её севернорусское происхождение.

Таким образом, фамилия Афиногеева — это не просто «фамилия от имени», а живая связь с древнегреческим мифом, православным календарём и народной языковой переделкой.