Фамилия Афиногеннов — яркий пример того, как церковное имя, пройдя через народное произношение и официальную запись, превратилось в фамилию с двойной буквой «н». В основе лежит каноническое имя Афиноген (греч. Athenogenes — «рождённый Афиной»). В святцах это имя известно по мученику Афиногену, епископу Севастийскому, которого почитают 29 июля (16 июля по старому стилю). Однако в быту имя было редким, книжным, и встречалось в основном в среде духовенства и старообрядцев, где держались за дониконовскую традицию имянаречения.

Разберёмся с суффиксами. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: от полной формы имени (Афиноген) с помощью суффикса -ов. Второе «н» (Афиногеннов) — не суффикс, а наращение, возникшее на стыке основы имени (Афиноген) и суффикса (-ов). В русской письменной традиции XIX века такие формы часто фиксировали с двойной «н» для сохранения ударения на корне: Афиноге́ннов, а не Афиногенов (что звучало бы как Афиноге́нов с ударением на «е» и могло быть прочитано как фамилия от имени Афиноген без наращения). По сути, это графический способ удержать ударную позицию.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России — Вологодской, Костромской, Ярославской. Там, в среде сельского духовенства и купечества, книжные имена приживались чаще, чем в крестьянской среде, где господствовали Иван да Пётр. Встречается и вариант без удвоения — Афиногенов, но он значительно реже. Если ваш предок носил фамилию Афиногеннов, с высокой вероятностью он был либо священником, либо дьячком, либо происходил из семьи, где имя давали по святцам, а не по народной традиции.

Стоит отметить, что в некоторых говорах имя могли произносить как Афиногент, откуда пошли фамилии Афиногентов и Афиногентьев. Но Афиногеннов — это именно «книжный», грамотный вариант, записанный при переписи населения или в метрических книгах с буквальной точностью.