Фамилия Афиеогенов — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не мирское имя, а полная календарная форма. Разберём её по косточкам. Корень — греческое мужское имя Афиноген (от «Афина» и «генос» — «рождённый Афиной»). В святцах имя писалось через «и» — Афиноген, но в народном произношении и в документах нередко возникала путаница: «фита» (буква ѳ) на слух заменялась на «ф», а безударное «и» — на «е». Так родился вариант Афеоген, а затем и Афиеоген — с «ие» на стыке, которое закрепилось в написании.

Суффикс -ов указывает на классическую русскую патронимическую модель: Афиеогенов — «сын Афиеогена». Фамилия образована напрямую от полного крестильного имени, что нетипично для крестьянской среды (там чаще брали уменьшительные формы). Это говорит о том, что предок, скорее всего, принадлежал к духовному сословию или к купечеству, где ценилась «правильная» книжная форма имени. В среде семинаристов и священников такие «учёные» фамилии были в ходу в XVIII–XIX веках.

Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Афиеоге́нов, хотя в бытовой речи возможен перенос на «о» — Афиео́генов. Встречаемость фамилии крайне низкая, географически она тяготеет к центральным губерниям России, где были сильны традиции церковной ономастики. Однокоренные варианты — Афиногенов, Афиногентов, Афеногенов — встречаются чаще, и все они восходят к одному святому.

Таким образом, Афиеогенов — это не искажённая, а «литературная» форма фамилии, зафиксировавшая редкий вариант записи греческого имени. Её носитель почти наверняка потомок человека, чья жизнь была тесно связана с церковью: священника, дьякона или семинариста, получившего фамилию по своему небесному покровителю.