Фамилия Афипогенов — один из редких случаев, когда русская фамилия образована от полного церковного имени, причем имени не просто редкого, а почти забытого. В основе лежит мужское имя Афипоген (греч. Афипогенос — «рожденный Афиной»). В святцах оно встречается, но широкого хождения на Руси не имело, поэтому и фамилия осталась штучной.

Словообразовательная модель прозрачна: к основе имени Афипоген добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Афипогенов). Буквально фамилия значит «сын Афипогена» или «потомок Афипогена». В отличие от более массовых фамилий на -ин, здесь мы видим классический «овский» вариант, характерный для фамилий, образованных от имен и прозвищ на твердый согласный.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным губерниям России, где в XVIII–XIX веках фиксировались единичные случаи использования редких календарных имен. Встречается она крайне редко — в современных телефонных справочниках и базах данных число носителей не превышает нескольких сотен человек по всей стране. Это не фамилия крестьянского большинства, а скорее след духовного или мещанского сословия: именно в среде сельских священников и дьячков иногда давали детям «календарные» имена, которые в народе почти не употребляли.

Интересно, что в некоторых старых документах встречается вариант написания «Афипогенов» с одним «ф» — «Афипогенов», что связано с особенностями произношения и записи греческого звука [θ] (тета) как «ф» или «т». Но в современном написании закрепилась форма с «ф», что точнее передает греческий прототип.

Если искать однокоренные фамилии, то ближайшая по звучанию — Афиногенов, которая встречается чаще. Разница в одну букву («н» вместо «п») не случайна: имена Афиноген и Афипоген — два разных греческих слова, но в бытовой речи их могли путать, и фамилии возникали параллельно. Афипогенов — более редкая ветвь, сохранившая исходную форму имени без народной переделки.