Фамилия Агагишиева — редкий пример, где национальная и языковая принадлежность ясна сразу, а вот точное значение исходного имени — нет. Это женская форма фамилии Агагишиев, которая образована от мужского личного имени Агагиши. По законам тюркской ономастики, фамилии на -ев/-ова указывают на происхождение от отца или деда: Агагишиев буквально означает «потомок Агагиши».

Имя Агагиши составное, типичное для азербайджанской и, шире, тюрко-иранской антропонимии. Первая часть — «Ага» (от тюркского ağa — «господин», «хозяин», «старший»). Вторая часть — «гиши» (в азербайджанском kişi — «мужчина», «человек», «муж»). Таким образом, наиболее прямое прочтение имени Агагиши — «господин-мужчина» или «почтенный муж». Однако в бытовой традиции составные имена с компонентом «ага» часто давали как пожелание уважения и статуса, а не как буквальное описание.

Словообразовательная модель здесь — не чисто русская, а адаптированная под русскую паспортную систему: тюркское имя + русский суффикс -ев. Суффикс -ин, который мог бы появиться от основ на -а, здесь не используется, потому что исходная основа имени — Агагиши, а не Агагиша. Форма Агагишиева (с двумя «и» перед суффиксом) — результат присоединения -ев к полной форме имени, без усечения.

Географически фамилия тяготеет к Азербайджану и регионам России с азербайджанской диаспорой (Дербент, юг Дагестана). Встречаемость крайне низкая, что делает фамилию локальной и, скорее всего, восходящей к одному роду. Споров о происхождении здесь нет: обе части имени прозрачны, а альтернативные версии (например, от арабского «гашиш» или персидского «киш») не выдерживают критики, так как нарушают законы тюркского словосложения и не подтверждаются фонетикой.

Единственная деталь, которая может удивить: имя Агагиши в старых записях могло писаться как Агакиши (через «к»), что характерно для азербайджанского произношения, где «г» в начале слова часто оглушается. В русской паспортной записи это различие закрепилось в написании фамилии, и вариант с «г» стал официальным.