Фамилия Агакишиев — одна из тех, что хранит память о восточных корнях, уходящих в историю тюркских народов. Её основа — азербайджанское имя Агакиши, которое складывается из двух частей. Первая часть «ага» восходит к тюркскому или персидскому слову со значением «старший», «господин», «уважаемый человек». Вторая часть «киши» в тюркских языках означает «человек», «мужчина». Таким образом, имя Агакиши можно перевести как «уважаемый человек» или «господин».

Встречающиеся в старых родословных упоминания о происхождении фамилии от выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев — это распространённый мотив для многих фамилий восточного звучания. Такие легенды часто возникали в XVII–XIX веках, когда русское дворянство стремилось подчеркнуть древность и знатность своего рода. Однако для фамилии Агакишиев более правдоподобна иная версия: она могла появиться в среде азербайджанских или тюркских народов, а затем, в результате миграций или смешанных браков, закрепиться в русскоязычной среде.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Агакиши добавляется типичный русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Агакиши»). Такая модель была характерна для оформления нерусских имён в фамилии в XIX веке, особенно на Кавказе и в Закавказье.

Фамилия Агакишиев — это не просто родовое имя, а живое напоминание о языке и культуре, где личное имя несло в себе пожелание уважения и достоинства. Встречается она преимущественно в регионах с азербайджанским населением, а также среди потомков выходцев из Закавказья в России.