Фамилия Агакишиев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Агакишиев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Агакишиев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Агакишиев происходит от азербайджанского имени Агакиши, которое состоит из двух компонентов: «агак» и «иш». Первая часть имени может представлять собой вариант армянского имени Агаек, что значит «единственная гора». Однако не исключено, что «агак» образовано от персидской основы «ага» - «старший, главный, уважаемый». Слово «иш» имеет несколько вариантов перевода: «четный, парный, многочисленный», «товарищ, спутник, друг, помощник», «ровня, равноценный, подобный», «народ, семья, род». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Агакишиев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Агакишиев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.