Фамилия Агакин — одна из тех, где на первый взгляд всё прозрачно, но при ближайшем рассмотрении открывается несколько равноправных путей. Корень «Агак-» сразу отсылает к личному имени или прозвищу, а суффикс «-ин» указывает на классическую русскую модель образования: «чей?» — «сын Агаки». Но кем был этот Агака?

Самая прямая и распространённая версия ведёт к крестильному имени Агапий (от греческого «агапе» — любовь). В народной речи имя упрощалось: Агап → Агапка → Агака. Уменьшительная форма «Агака» встречается в старых писцовых книгах как прозвище или некалендарное имя. В этом случае Агакин означает «потомок Агапия», «принадлежащий Агаке».

Вторая версия — тюркская, и её нельзя сбрасывать со счетов. В татарском и башкирском языках слово «ага» значит «старший брат», «господин», «уважаемый человек». Форма «агака» — уменьшительно-ласкательная (братец, уважаемый). Фамилии с основой «Ага-» (Агаев, Агашин) широко распространены у тюркских народов, и Агакин вполне могла возникнуть на стыке культур — например, в среде крещёных татар или в русско-татарских контактных зонах Поволжья.

Модель образования здесь стандартная: суффикс «-ин» присоединяется к основе, оканчивающейся на «-а». Это типично для фамилий, произошедших от прозвищ или имён с конечным гласным (ср. Пушкин — от Пушка, Ильин — от Илья). Фамилия Агакин не относится к дворянским или аристократическим — скорее всего, её носили крестьяне или мещане, у которых в быту закрепилось прозвище по имени главы семьи.

Географически фамилия редкая, встречается точечно. В дореволюционных переписях её фиксировали в южнорусских губерниях (Курская, Воронежская) и в Среднем Поволжье — что косвенно поддерживает обе версии происхождения. Однокоренные фамилии — Агаков, Агапкин, Агапов — гораздо многочисленнее, что делает Агакина любопытным исключением с неочевидной этимологией.