Фамилия Агакин — случай, когда простота обманчива. Корень «Агак-» и суффикс «-ин» сразу дают классическую русскую модель: «чей?» — «сын Агаки». Но кем был этот Агака, единого мнения нет, и обе версии имеют под собой серьёзную почву.

Самая прямая дорога ведёт к крестильному имени Агапий. В переводе с греческого «агапе» — любовь. В народной речи имя упрощалось до форм Агап, Агапка, а затем и до Агака. Такие уменьшительные имена фиксировались в старых писцовых книгах, где «Агака» могло быть как прозвищем, так и некалендарным именем. В этом случае Агакин — «потомок Агапия», «принадлежащий Агаке».

Вторая версия — тюркская, и её нельзя отбрасывать. В татарском и башкирском «ага» означает «старший брат», «господин», «уважаемый человек». Форма «агака» — уменьшительно-ласкательная, вроде «братец» или «уважаемый». Фамилии с основой «Ага-» (Агаев, Агашин) широко распространены у тюркских народов. Агакин могла возникнуть на стыке культур — например, в среде крещёных татар или в русско-татарских контактных зонах Поволжья.

Модель образования стандартна: суффикс «-ин» присоединяется к основе, оканчивающейся на «-а». Так устроены фамилии от прозвищ и имён с конечным гласным (Пушкин — от Пушка, Ильин — от Илья). Фамилия не относится к дворянским — её, скорее всего, носили крестьяне или мещане, у которых в быту закрепилось прозвище по имени главы семьи.

Географически фамилия редкая, встречается точечно. В дореволюционных переписях её фиксировали в южнорусских губерниях (Курская, Воронежская) и в Среднем Поволжье — что косвенно поддерживает обе версии происхождения. Однокоренные фамилии — Агаков, Агапкин, Агапов — гораздо многочисленнее. Агакин на их фоне — любопытное исключение с неочевидной этимологией, где греческое «любовь» и тюркское «брат» могли сойтись в одном звучании.