Фамилия Агакий — редчайший случай, когда в основе лежит не прозвище, не профессия и даже не усечённая форма имени, а полное каноническое имя в исходном виде. Это имя греческого происхождения — Ἀγάθιος (Агафий, Агакий), от слова ἀγαθός — «добрый», «хороший». В русской традиции имя Агакий известно по святцам, но массового распространения не получило.

Главная особенность этой фамилии — способ образования. Имя просто перешло в разряд фамилий без типичных суффиксов -ов или -ин. Такая модель «чистой основы» встречается редко, чаще у фамилий украинского или белорусского происхождения, где окончание -ий воспринималось как прилагательное. Словообразовательная цепочка прозрачна: от греческого «агатос» (добрый) через византийское имя Агакий к русской фамилии.

Важно не путать её с фамилией Агафонов (от разговорной формы Агафон) или Агаповым (от имени Агап). Агакий стоит особняком — это не переделка, а прямое заимствование имени в его письменной, церковной форме. Вероятно, носитель фамилии был либо потомком священнослужителя (в среде духовенства часто давали имена по святцам, и фамилии порой закреплялись без суффиксов), либо выходцем из южных регионов, где такая модель бытовала шире.

Географически фамилия редкая. В дореволюционных справочниках она почти не встречается, что говорит о локальном бытовании. По косвенным данным, отдельные случаи фиксации есть на юге России и в Украине, но массового распространения не было. В советское время фамилия могла возникнуть как искусственная — при смене паспортных данных или в результате ошибки писаря, который записал имя отца как фамилию.

Споров вокруг происхождения почти нет: версия от имени Агакий — единственная убедительная. Альтернативное толкование от прозвища «агакать» (поддакивать) маловероятно, так как в русских говорах такой глагол не зафиксирован. Фамилия Агакий — это живой след византийской ономастики, сохранившийся в единичных семьях как память о редком крестильном имени.