Фамилия Агарский — пример относительно редкой модели, где за основу взято географическое название, а не личное имя или прозвище. Суффикс -ский прямо указывает на происхождение: такую фамилию получал человек, чья семья была связана с местностью, именуемой Агары, Агарка или Агарь. В ономастике такие фамилии называют «топонимическими»: они отвечали на вопрос «откуда родом?» и часто закреплялись за дворянами, получившими поместье, или за выходцами из конкретного села.

Что именно скрывается за корнем «Агар-», — вопрос открытый. Самая вероятная версия отсылает к тюркскому слову «агар» (тяжелый, уважаемый) или к названию реки Агара в бассейне Ангары. В Сибири и на Урале действительно встречаются топонимы с этим корнем: например, деревня Агарская в Красноярском крае или речка Агарка в Свердловской области. Переселенцы оттуда и могли стать первыми носителями фамилии. Менее убедительна версия о связи с библейским именем Агарь (служанка Сары) — слишком далека от русской бытовой традиции, хотя полностью исключать её нельзя, если фамилия возникла в среде духовенства.

Словообразовательная модель проста: основа «Агар» + топонимический суффикс -ск- + окончание -ий. По такой же схеме сложились фамилии Казанский, Томский, Уфимский. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ин, Агарский встречается редко и в основном фиксируется в центральных областях России и в Сибири. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не попадается — это говорит о её позднем оформлении, вероятно, уже в XIX веке, когда крестьянам при переписях давали фамилии по названию родной деревни.

Сословная принадлежность у Агарских могла быть разной. Если фамилия возникла в помещичьей среде, её носитель был дворянином, владевшим имением «Агары». Если в крестьянской — потомком выходцев из одноимённого села. Единого «гнезда» фамилии нет: её разбросанность по регионам подтверждает, что разные семьи получили её независимо друг от друга в разных уголках страны.