Фамилия Агарин образована по простой и распространённой модели: к основе Агарь добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин. Вопрос лишь в том, что скрывается за этой основой. На этот счёт есть несколько версий, и самая убедительная из них связана с миром природы.

В некоторых русских говорах агарью называли болотного кулика — птицу, знакомую каждому, кто жил у воды или на открытых сырых местах. В дохристианскую эпоху имена, данные по названиям птиц и зверей, были на Руси повсеместны. Человек с прозвищем Агарь мог получить его за сходство с этой птицей — может быть, за длинноногость, за крикливый голос или за привычку держаться у воды. Эта версия выглядит естественной, потому что опирается на хорошо известную ономастическую традицию.

Есть и другая, бытовая гипотеза. Прозвище Агарь могли дать человеку навязчивому, который постоянно донимал окружающих просьбами. В этом случае основа фамилии — не птица, а глагольный корень, связанный со значением «докучать, приставать». Такие прозвища по поведенческим чертам тоже были в ходу, хотя встречались реже, чем «птичьи».

Иногда Агарина пытаются возвести к библейскому женскому имени Агарь — так звали рабыню Сарры, родившую Аврааму сына Измаила. Однако это имя было крайне редким в русской среде, почти не встречалось в крестьянском и городском обиходе, а значит, вряд ли могло стать основой для массовой фамилии. Поэтому эта версия наименее правдоподобна.

Скорее всего, перед нами фамилия, рождённая из прозвища, данного по птице или по черте характера. Потомок человека по прозвищу Агарь и стал Агариным.