Фамилия Агарин происходит от прозвища или нецерковного имени Агарь. Точного ответа, от чего именно, нет, но есть несколько версий, и разбираться в них интереснее, чем просто выбрать одну.

Самая вероятная версия — прозвище от названия птицы. В северных и центральных русских говорах агарём называли болотного кулика. Птичьи имена (Воробей, Сокол, Гусь) в дохристианской Руси давали легко и часто — считалось, что имя-оберег передаёт ребёнку нужные качества или, наоборот, прячет его от злых сил. Человек по прозвищу Агарь мог быть чем-то похож на кулика: длинноногим, суетливым, живущим у воды, либо просто получил имя по народной традиции.

Вторая версия отталкивается от глагола «агарить» — в некоторых говорах это значило «докучать, надоедать просьбами». Прозвище Агарь тогда давали назойливому, приставучему человеку. Такое объяснение встречается в любительских словарях, но надёжных лингвистических подтверждений у него мало.

Третья версия — библейская. В Ветхом Завете Агарь — служанка Сарры, родившая Аврааму сына Измаила. Имя это в святцах есть, но на Руси оно было редким. Как женское имя оно почти не употреблялось, а фамилия на -ин от женского имени (Агарь → Агарин) возможна, но маловероятна: обычно такие фамилии образовывали от имён матерей в нестандартных семейных ситуациях (вдовство, внебрачный ребёнок), но здесь нет ни массовости, ни устойчивой традиции.

Фамилия образована по простой модели: прозвище Агарь плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Агарин). Это типичный для русских фамилий способ, особенно в северных и центральных регионах.

Точное время и место возникновения фамилии Агарин неизвестны. Процесс закрепления фамилий у крестьян и мещан растянулся на несколько столетий, и документальных записей о первых Агариных не сохранилось. Можно лишь сказать, что фамилия эта русская по форме и, скорее всего, по происхождению, а её основа уходит корнями в народную, дохристианскую традицию имён.