Фамилия Агаларян — армянская, образована по типичной для армянской ономастики модели с патронимическим суффиксом -ян, который восходит к древнему -янц и означает «принадлежащий к роду» или «потомок». В переводе с армянского слово «азганун» (фамилия) буквально означает «имя клана», так что Агаларян — это указание на принадлежность к определённому роду, основателю которого дали прозвище Агалар.

Основа фамилии — прозвище Агалар — имеет тюркское происхождение. В азербайджанском языке слово «агалар» означает «барство» или «господа» (множественное число от «ага» — господин, хозяин). Вероятно, так могли прозвать человека, который выделялся богатством или имел отношение к знатной верхушке общества. Прозвище могло указывать и на особенности поведения: его обладатель вёл себя по-барски, властно, держался с достоинством, как представитель высшего сословия.

Формант -ар- в основе Агалар- — это, скорее всего, тюркский аффикс принадлежности или множественности, который в сочетании с корнем «ага» даёт значение «те, кто относятся к господину» или просто «господа». Таким образом, фамилия Агаларян буквально означает «потомок Агалара», то есть человека, которого за его статус или повадки называли «барским».

Стоит отметить, что фамилии с тюркскими корнями, оформленные армянским суффиксом -ян, — не редкость в Закавказье. Это результат многовекового соседства и языковых контактов армян с тюркоязычными народами. Агаларян — один из примеров такого смешения: тюркское прозвище стало основой для армянской родовой фамилии.