Фамилия Агалыевы — из тех, где географический ключ лежит на поверхности, если знать, куда смотреть. Вопреки ожиданию, её основа не русское имя и не прозвище, а тюркский топоним. Суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного) работает по стандартной модели принадлежности: Агалыевы — буквально «дети Агалы». Но само слово «Агалы» здесь, скорее всего, не личное имя, а указание на место.

На карте Туркменистана есть город Агалы (бывший Агалы-Ата) и несколько селений с таким же корнем. Житель такой местности получал прозвище «агалы» — то есть «из Агалы». От этого прозвища и пошла фамилия. Встречаются варианты написания с одним «л» — Агалыев, что объясняется особенностями передачи тюркских звуков на письме.

Исторический контекст подсказывает, что фамилия типично туркменская по происхождению. В Российской империи, особенно в Закаспийской области, фамилии на -ев активно давали представителям местной знати и зажиточным семьям при переходе на оседлый образ жизни или при поступлении на русскую службу. Предки современных Агалыевых, вероятно, были выходцами из туркменского рода или племени, связанного с местностью Агалы.

Спорных версий у этой фамилии немного. Можно было бы предположить, что основа «ага» — это тюркский титул «старший брат» или «господин», а «лы» — аффикс обладания. Тогда Агалы означало бы «имеющий господина» или «принадлежащий к знати». Но привязка к конкретному топониму убедительнее: слишком много туркменских фамилий образовано именно по географическому принципу. Версия с титулом остаётся второстепенной.

Фамилия редкая, за пределами Туркменистана практически не встречается. Её носители — это, как правило, потомки туркмен, чьи предки жили в районе современного города Агалы или в одноимённых аулах.