Фамилия Агамян — классический пример армянской родовой модели. Её образовали по патронимическому принципу с помощью суффикса -ян, который восходит к древнеармянскому -янц и указывает на происхождение: Агамян значит «из рода Агама» или «потомок Агама». Ударение в фамилии падает на последний слог.

В основе фамилии лежит личное имя Агам — краткая форма от древнеармянского Агама, которое восходит к библейскому Агагу (в Ветхом Завете так звали царя амаликитян). В Армении имя Агам бытовало как уменьшительно-ласкательное, а со временем закрепилось как самостоятельное.

Географически фамилия чаще всего встречалась в исторических областях Западной Армении, особенно в регионе Васпуракан, у озера Ван. После геноцида 1915 года носители фамилии расселились по миру; крупные диаспоры сохранились на юге России — в Краснодарском крае и Ростовской области, а также в самой Армении, в Ереване и областях Арарат и Армавир.

В русском языке фамилия не склоняется у мужчин (Иван Агамян) и склоняется у женщин (Анны Агамян). В армянском оригинале она пишется как Աղամյան, где первая буква «Աղ» передаёт звук, близкий к «агх» или «ах», поэтому в русских документах встречаются варианты Агамян, Ахамян и даже Огамян — это зависит от диалекта и времени записи в метриках.

Социальный состав носителей был пёстрым: среди Агамянов встречались крестьяне, ремесленники и купцы. В XIX веке несколько представителей рода получили дворянство в Российской империи за заслуги на военной и гражданской службе. Родственных фамилий с той же основой, но другими суффиксами, в армянской ономастике нет — модель -ян здесь единственная, что говорит о древности и устойчивости рода.