Фамилия Агекян — яркий пример армянской модели фамилий, которая почти сразу выдаёт происхождение носителя. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, армянские патронимические суффиксы -ян (или -янц) означают «из рода» или «потомок такого-то». Агекян, таким образом, восходит к личному имени или прозвищу Агек (или Агекянц в более старой форме). Основа здесь — армянское имя Агек, которое, скорее всего, является уменьшительно-ласкательной формой от имени Агасий или Агафон, либо восходит к армянскому слову «аг» (злой, свирепый) — в древности такие прозвища давали воинам или людям с суровым характером.

Географически фамилия Агекян распространена среди армян, исторически живших как в Восточной Армении (территория современной Армении), так и в диаспоре — особенно в Турции (до геноцида 1915 года) и в странах Ближнего Востока. В Российской империи фамилия встречалась в Закавказье, но после переселений армян в XIX веке — и в южных губерниях России. В советское время Агекяны оседали в крупных городах, таких как Москва, Ростов-на-Дону и Краснодар.

Словообразовательная модель Агек-ян не оставляет сомнений: суффикс -ян — самый массовый в армянской ономастике, он вытеснил более древний -янц, который сохранился лишь в некоторых фамилиях (например, Агекянц). Если бы фамилия писалась через «ц» на конце, это указывало бы на более старую форму, но современный вариант Агекян — стандартный для армян, перешедших на русскую передачу. Интересно, что в армянском языке ударение падает на последний слог: АгекЯн, хотя в русском быту часто произносят с ударением на второй слог.

Споров о происхождении основы почти нет: все версии сходятся к имени или прозвищу. Единственная альтернативная гипотеза — связь с топонимом (например, село Агек в исторической Армении), но она слабо подтверждена документально. Правдоподобнее всего патронимическая версия: предок носителя носил имя Агек, и его потомки стали Агекянами.

Среди известных носителей — армянский учёный-астрофизик Григорий Агекян (1925–2018), работавший в Пулковской обсерватории, и советский футболист Юрий Агекян, игравший за ереванский «Арарат» в 1960-х. Но в целом фамилия не слишком массовая: по частотности в Армении она уступает десяткам более распространённых на -ян.