Фамилия Агильдины — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно заглянуть за пределы привычных русских ономастических моделей.

Самое вероятное объяснение — тюркское происхождение основы. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) существует корень «агиль» или «ағыл», который означает «ум», «разум», «сознание». В сочетании с аффиксом принадлежности это давало значение «умный», «разумный» или даже «обладающий мудростью». Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Агильдин, то есть потомок человека по прозвищу Агильда или Агильдя.

Именно форма Агильда (или Агильдя) могла быть исходным прозвищем. В русских говорах и в среде крещёных татар такое имя-прозвище фиксировалось как вариант тюркского имени Агиль (Агильдей). Добавление конечного -а в русском языке часто переводило тюркское имя в разряд прозвищ или уменьшительных форм, от которых затем и образовалась фамилия.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с гидронимом. В Поволжье встречаются небольшие речки с названием Агильда или Агильдинка. В этом случае фамилия могла произойти от прозвища человека, жившего на такой реке, — «Агильдинский», которое затем сократилось до Агильдин. Однако эта версия слабее, так как сами гидронимы чаще всего возводятся к тому же тюркскому корню.

Исторически фамилия Агильдины бытовала преимущественно в среде крещёных татар (кряшенов) и в некоторых группах русского населения Поволжья, особенно на территории бывшей Казанской и Симбирской губерний. География распространения узкая, что подтверждает её локальный характер и связь с конкретной этнической группой.

Словообразовательная модель фамилии — классическая патронимическая (-ин), но основа не славянская, а заимствованная. Это типичный пример того, как тюркское личное имя или прозвище, пройдя через русскую фамильную формулу, закрепилось в качестве наследственного родового имени.