Фамилия Аглямутдинов — один из тех случаев, когда за звучанием, привычным для русского уха, стоит сложная восточная этимология. Её основа — мужское имя Аглямутдин, арабское по происхождению и восходящее к словосочетанию «Аглям ад-Дин» — «знамя веры» (от «аглям» — знамя, знак и «дин» — религия, вера). Имя это было особенно распространено среди татар и башкир, но не стало массовым, поэтому и фамилия встречается нечасто.

Модель образования фамилии — типичный для Российской империи способ русификации тюркских имен: к основе на -дин приращивается русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Таким образом, «Аглямутдинов» буквально означает «сын (или потомок) Аглямутдина». Важно понимать: суффикс -ов здесь — не признак этнической принадлежности, а результат канцелярской унификации XIX — начала XX века, когда фамилии всех подданных империи записывали по единому шаблону.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону — Татарстану, Башкортостану, а также к Оренбургской и Челябинской областям. Встречается она и у казанских татар, и у мишарей. Поскольку имя Аглямутдин не самое частое среди мусульманских имён, носителей фамилии сравнительно немного. Это делает её хорошим маркером конкретной родовой линии: в отличие от массовых «Абдуллиных» или «Хасановых», Аглямутдиновы чаще всего ведут происхождение от одного или нескольких предков, носивших это редкое имя.

Семантика имени — «знамя веры» — намекает на возможную связь предков с религиозной сферой. Такое имя могли дать сыну муллы, учителя при мечети или просто глубоко верующего человека. Однако в метрических книгах и ревизских сказках XIX века фамилия фиксируется уже как наследственная, а её носители — как оседлые крестьяне, платившие подати. Так что прямой связи с духовенством могло и не быть: имя давали и по обету, и в честь уважаемого религиозного деятеля, а фамилия просто закрепилась за родом.

Существует альтернативная, менее правдоподобная версия, возводящая основу к арабскому «алим» — учёный. Но фонетически «Аглям» от «алим» отличается, и перехода «и» в «а» в заимствованиях не наблюдается. Так что версия со «знаменем» остаётся основной.