Фамилия Аглямутдинов — классический пример русской фамилии, образованной от арабского имени по тюркской модели. Её основа — мужское имя Аглямутдин, которое в свою очередь восходит к арабскому «Аглям ад-Дин» — «знамя веры» (от «аглям» — знамя, знак и «дин» — религия, вера). Имя это было распространено в среде мусульманских народов Российской империи, особенно у татар и башкир.

Словообразовательная модель здесь типична для русификации тюркских фамилий: к основе на -дин добавляется русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Так «Аглямутдинов» буквально означает «сын (или потомок) Аглямутдина». Суффикс -ов в таких фамилиях — не показатель этнической принадлежности, а результат канцелярской унификации в XIX — начале XX века, когда фамилии всех подданных империи записывали по единому шаблону.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону — Татарстану, Башкортостану, а также к Оренбургской и Челябинской областям. Встречается она и в среде казанских татар, и у мишарей. Интересно, что имя Аглямутдин — не самое частое среди мусульманских имён, поэтому носителей фамилии сравнительно немного, что делает её хорошим маркером конкретной родовой линии. В отличие от массовых «Абдуллиных» или «Хасановых», Аглямутдиновы чаще всего ведут происхождение от одного или нескольких предков, носивших это редкое имя.

С точки зрения социального статуса, предки носителя фамилии могли быть как муллами или учителями при мечети (имя «знамя веры» давали часто людям, связанным с религией), так и простыми крестьянами. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века эта фамилия фиксируется уже как наследственная, что говорит о том, что её носители к тому моменту были оседлыми и платили подати.

Есть и альтернативная, менее правдоподобная версия: связь с арабским «алим» — учёный. Но фонетически «Аглям» от «алим» отличается, и перехода «и» в «а» в заимствованиях не наблюдается. Так что версия со «знаменем» остаётся основной.