Фамилия Агрусев — редкий случай, когда в основе прозвища лежит не имя, не профессия и не черта характера, а растение, да и то не самое привычное для русской ономастики. Корень здесь — «агрус», устаревшее диалектное название крыжовника. В некоторых южнорусских и украинских говорах так называли не только ягоду, но и сам куст. Человек мог получить прозвище Агрус за то, что разводил крыжовник, торговал им или просто жил возле зарослей этого колючего кустарника.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на твердый согласный прибавили патронимический суффикс -ев (вариант -ов после шипящих и мягких согласных, но здесь «с» твердая, поэтому формально правильнее было бы Агрусов, однако на письме закрепился вариант с -ев, что встречается в фамилиях от основ на -ец, -ус). Суффикс указывает на принадлежность: «сын Агруса» или «из рода Агруса». Фамилия образована не от церковного или славянского имени, а напрямую от прозвища, что говорит о её сравнительно позднем возникновении — скорее всего, не раньше XVII века, когда прозвища из бытовой сферы начали массово переходить в наследственные фамилии у крестьян и посадских людей.

Стоит отметить, что в ономастических словарях фамилия Агрусев не фиксируется как распространенная. Она отсутствует в капитальных трудах Б. Унбегауна и В. Никонова, что подтверждает её редкость. Встречается преимущественно в южных регионах России — в Воронежской, Ростовской областях, а также в Краснодарском крае, где диалектное слово «агрус» было в ходу. География подсказывает и возможное происхождение носителей: предки могли быть выходцами из украинских или южнорусских земель, где крыжовник называли не «берсень», а именно «агрус».

В написании фамилии иногда путают с Агрусовым или Агрусьевым, но последний вариант указывал бы на основу «Агрусь» — возможно, от имени Аггей через народную форму. Однако для Агрусева связь с крыжовником остаётся наиболее прямой и правдоподобной версией.