Фамилия Агусев — тот редкий случай, когда основа на первый взгляд кажется прозрачной, но при ближайшем рассмотрении ставит в тупик. Суффикс -ев здесь работает как притяжательный: он отвечает на вопрос «чей?» и указывает на происхождение — «сын Агуса» или «человек из рода Агуса». Всё упирается в то, что скрывается за самим прозвищем или именем Агус.

Самая надёжная версия ведёт к библейскому имени Аггей. В русской народной среде это древнееврейское имя (от «хаггай» — праздничный, торжественный) часто упрощали: Аггей превращался в Агуя, а затем и в Агуса. Стяжение сложного сочетания согласных «гг» в более удобное «г» или «гу» — обычная практика для русских говоров. Параллель здесь — фамилия Агупов, где основа восходит к тому же Аггею через форму Агуп. Выходит, что Агусев означает «внук или потомок Аггея».

Есть и вторая, менее вероятная версия — от прозвища Агус, связанного с глаголом «агукать» (издавать звуки, подражая младенцу). Такое прозвище могли дать взрослому человеку за сюсюкающую манеру речи или за привычку нежно ворковать с детьми. Однако география фамилии говорит против этого: Агусевы встречаются в основном в Поволжье и центральных областях России, где имя Аггей было широко распространено. В южных или сибирских говорах прозвищная версия имела бы больше шансов.

Словообразовательная модель фамилии нестандартна. Суффикс -ев, а не -ов, стоит после основы, оканчивающейся на твёрдый согласный «с». Обычно -ев пишут после мягких согласных или шипящих (например, Исаев, Ковалёв), а здесь — исключение, которое подтверждает правило: в старых документах написание часто колебалось между Агусов и Агусев, и закрепился именно второй вариант. Это может указывать на то, что фамилия фиксировалась в письменных источниках довольно поздно, когда орфография уже устоялась.

Никаких известных дворянских родов или ярких исторических личностей с фамилией Агусев не зафиксировано — это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где имя Аггей было обычным, а не книжным.