Фамилия Агусева — женская форма от Агусев, и её разумнее всего анализировать через мужской вариант. Основа здесь — Агус. Это либо краткая форма крестильного имени, либо прозвище, и оба варианта имеют право на существование.

Самый вероятный источник — имя Аггей (от древнееврейского «праздничный»). В народном произношении оно часто упрощалось: двойное «г» исчезало, и Аггей превращался в Агей или Агус. Суффикс -ус в русских фамилиях редок, но встречается: он мог появиться под влиянием южнославянских или польских форм (ср. Матвей → Матус, Павел → Паулюс). Таким образом, Агус — это народная переделка имени Аггей, а Агусев, соответственно, «сын Агуса».

Вторая, менее распространённая версия отталкивается от прозвища. В некоторых говорах «агус» или «агуся» могли называть плаксивого, капризного ребёнка — от звукоподражательного «агу» (детский плач). Но такое прозвище вряд ли стало бы основой для устойчивой фамилии: слишком узкое и ситуативное значение. Версия с именем выглядит убедительнее.

Фамилия Агусев (и Агусева) — редкая. В дореволюционных справочниках она не встречается среди дворянских или купеческих родов, а значит, её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Географически фамилия тяготеет к южным и центральным регионам России, где формы с суффиксом -ус встречаются чаще, чем на севере. Встречаются также варианты Агусов и Агусин — они образованы от той же основы, но по разным моделям (на -ов и -ин).

Таким образом, Агусева — это фамилия, возникшая из имени Аггей через его разговорную форму Агус. Предки носительницы этой фамилии, скорее всего, были крестьянами, получившими фамилию по отцу или деду, которого в быту звали Агусом.