Фамилия Апусева — женская форма, мужской вариант — Апусев. Это редкая фамилия, и её происхождение напрямую связано с необычной основой. Скорее всего, в её основе лежит неканоническое имя или прозвище Апуся, которое, в свою очередь, могло возникнуть от глагола «апускать» — диалектной формы слова «опускать». В таком случае прозвище могло относиться к человеку медлительному, нерасторопному или, наоборот, к тому, кто «опускал» что-либо (например, подол саней или воротник) — в зависимости от местного говора.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Апусев — сын Апуси. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на мягкий согласный или -я. Форма Апуся могла быть и уменьшительно-ласкательным вариантом от крестильного имени Апполинарий (в просторечии — Аполос, Апуля), что делает фамилию возможной «семейной» производной от полного церковного имени.

В ономастике фамилии с корнем «апуск-» встречаются крайне редко. Можно предположить, что исходное прозвище закрепилось за одним родом в конкретной местности, возможно, на севере или в центральной России, где диалектные формы глаголов с приставкой «а-» (вместо «о-») были более распространены. Второй, менее вероятный вариант — связь с тюркским или финно-угорским субстратом, но для этого нет убедительных лингвистических данных: фамилия выглядит органично в рамках славянской словообразовательной модели.

Таким образом, Апусевы — потомки человека по прозвищу Апуся. Что именно означало это прозвище — «опускающий» (в прямом или переносном смысле) или «маленький Апполинарий» — сегодня точно не установить, но оба варианта имеют право на существование. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, что подтверждается её прозрачной, бытовой основой.