Фамилия Акатнова — женская форма от Акатнов, а та, в свою очередь, образована от личного имени или прозвища Акатн. Основа здесь неочевидная, и в ней скрыт главный интерес. Скорее всего, в основе лежит редкое каноническое имя Акатн — одна из народных форм крестильного имени Иоанникий (в русском быту звучало как Аника, Аникиевич, но с утратой начального «и» и упрощением). Иоанникий значит «побеждающий» (от греческого «нике» — победа). Однако путь от Иоанникия до Акатна долог: сначала имя стянулось до Анникей, затем потеряло «н» — получилось Аникей, а в некоторых говорах, где «акали», перешло в Акатн. Суффикс -ов в мужской форме стандартно указывал на принадлежность: «сын Акатна». Женский вариант Акатнова закрепился позже, когда фамилии стали передаваться по материнской линии в документах.

Другая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным словом «акатник» — так в некоторых регионах называли бродягу или нищего, ходящего по дворам (от «акать» — просить подаяние с протяжной интонацией). Но прозвище Акатн в таком случае — это усечённая форма от «акатник», что встречается редко. Обычно подобные прозвища давали не по одному действию, а по устойчивой черте, и сохранились они в фамилиях Акатов, Акатьев, а Акатнов — скорее исключение.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, где аканье было нормой: Тамбовская, Рязанская, Воронежская губернии. Встречается и на Урале, куда переселенцы принесли её с собой. Социально предки носителей фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по отцу, который в документах XVII–XVIII веков был записан как Акатн (или Акатка). В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых метрических книгах можно найти Акатновъ, а в современных документах — только Акатнова. Ударение, судя по распространённым говорам, падает на второй слог: Ака́тнова.