Фамилия Ахновский образована от личного имени Ахан. Это еврейское мужское имя, которое, по распространённой версии, восходит к древнееврейскому слову «ахар» — «беда, несчастье». Такое значение не должно смущать: в традиции многих народов существовали так называемые охранительные имена. Родители нарекали ребёнка именем с негативным смыслом, чтобы отвести от него настоящие беды и несчастья, обмануть злых духов. Надеясь вырастить счастливого и здорового сына, они давали ему имя Ахан.

Фамилия построена по типичной для восточноевропейских еврейских фамилий модели: к основе имени добавили суффикс -овский/-евский. Этот суффикс в польской и украинской традиции часто указывал на принадлежность к роду или на происхождение из определённого места. В случае с фамилией Ахновский он закрепился как родовой показатель: потомок человека по имени Ахан со временем стал Ахновским.

В отличие от большинства русских фамилий на -ский, которые указывали на географическое название (деревню или город), Ахновский — фамилия патронимическая, то есть образованная напрямую от имени предка. Это сближает её с фамилиями вроде Абрамовский или Янкелевский, где суффикс -ский наслаивается на личное имя, а не на топоним. Встречается также вариант написания Ахновский с ударением на втором слоге, что отражает произношение исходного имени.