Фамилия Ахоян — яркий пример армянской модели фамилии, указывающей на происхождение от личного имени. В основе лежит мужское имя Ахо (или Ах), которое является сокращённой, народной формой от полного армянского имени Ахавни (в переводе с армянского — «голубь») или от имени Ахтамар. В армянском языке такие усечённые имена были в ходу: от них легко образовывали фамилии с помощью суффикса -ян, что значит «принадлежащий к роду» или «потомок». Таким образом, Ахоян дословно означает «из рода Ахо», то есть потомок человека по имени Ахо.

Суффикс -ян — самый распространённый в армянской ономастике. Он соответствует русскому -ов/-ев или -ин. В русском языке фамилия Ахоян склоняется по правилам заимствованных фамилий: мужской вариант склоняется (Ахояна, Ахояну), женский — нет (Анна Ахоян). На письме встречаются варианты с удвоенной «н» (Ахоянн) или с заменой «о» на «а» (Ахаян) — это следы адаптации к русской графике или диалектного произношения в разных регионах Армении.

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным областям исторической Армении — к зоне распространения диалекта, где имя Ахо было особенно популярно. Много Ахоянов среди выходцев из окрестностей Вана, Мараша и Киликии. После геноцида армян 1915 года носители фамилии рассеялись по диаспоре: много Ахоянов в России, США, Ливане и Аргентине. В современной Армении фамилия не входит в число самых частых, но встречается устойчиво, особенно в Ереване и в областях Арагацотн и Ширак.

С точки зрения социальной истории, Ахояны — это, скорее всего, потомки крестьян или ремесленников. В армянской традиции фамилии на -ян редко указывали на дворянское происхождение (для знати чаще использовали суффикс -уни). Никакого прозвища или ремесла в основе нет — только имя, что говорит о сравнительно позднем закреплении фамилии (в основном в XIX веке, когда армяне массово получали фамилии по отцу). Если искать аналоги по смыслу, то Ахоян стоит в одном ряду с русскими фамилиями Ахин, Ахов или Ахинцев — у них общая основа (сокращённое имя вроде Ах или Аха), но разная модель образования.