Фамилия Алакшанов — сравнительно редкая и, скорее всего, тюркского происхождения, с прозрачной, но неочевидной для русского уха основой. Её ядро — слово «алакша», которое в тюркских языках (например, в казахском, татарском, башкирском) означает «пёстрый», «рябой» или «пятнистый». В переносном смысле так могли назвать человека с заметными чертами лица — веснушками, следами оспы или просто пёстрой, неоднородной внешностью.

Модель образования здесь классическая для тюркских фамилий, прошедших через русскую канцелярию: к основе «Алакша» добавили патронимический суффикс -н, а затем родовой русский суффикс -ов. Получается буквально «сын Алакши» или «из рода Алакшиных». Без суффикса -н фамилия звучала бы как Алакшаев — и такой вариант тоже существует, хотя встречается реже. Суффикс -н в тюркских фамилиях (ср. Ахметшин, Сафин) — это показатель принадлежности, притяжательности: «Алакша» + «-ын» (его). Русская контора XIX века при записи часто переосмысляла эту форму, добавляя своё окончание, и получался Алакшанов.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Урала, где исторически смешивались татарское, башкирское и русское население. Встречается она и у казахов, но там чаще сохраняется форма Алакшаев или просто Алакша. В дореволюционных метрических книгах по Оренбургской и Уфимской губерниям можно найти крестьян и мещан с этой фамилией — сословной привилегированности она не несёт, это фамилия «низовая», бытовая, возникшая из уличного прозвища.

Интересная деталь: в некоторых диалектах «алакша» могло означать не только пёструю масть скота, но и нечто с примесью, смешанное. Поэтому нельзя исключать, что прозвище дали человеку со сложной родословной — например, метису или ребёнку от смешанного брака. Но это лишь вторая, менее подтверждённая версия. Первая, внешностная, остаётся основной.