Фамилия Алакулеева — редкий случай, когда географический корень почти не оставляет сомнений. В основе лежит топоним Алакуль — так называется несколько озёр в Казахстане и на юге Западной Сибири (в частности, в Курганской и Челябинской областях). Само слово тюркское: «ала» (пёстрый, рябой) + «куль» (озеро). Человек, получивший прозвище Алакул, скорее всего, жил у такого озера или был оттуда родом.

Суффикс -еев указывает на русскую адаптацию тюркской основы. В русской ономастике фамилии на -еев часто образуются от имён и прозвищ на мягкий согласный (сравните: Алёша — Алёшев, Еремей — Еремеев). Исходное Алакул перешло в Алакулеев — «сын Алакула». Женская форма Алакулеева, таким образом, означает «дочь (или жена) Алакулеева».

Модель образования типична для русских фамилий, возникших в зоне активных контактов с тюркскими народами — в Приуралье, Поволжье, Сибири. Носители фамилии — потомки тех, кого в документах XVII–XIX веков записали как «Алакулеев» по месту жительства или по прозвищу, закрепившемуся за родом. Фамилия недворянская, скорее крестьянская или казачья: у озёр Алакуль часто селились переселенцы и казаки, охранявшие границы.

Современная форма Алакулеева встречается редко, в основном в Курганской области и на севере Казахстана. Двойная «е» в суффиксе — не ошибка, а отражение полной основы: Алакул — Алакулеев, где ударение падает на третий слог (Алакулéев).