Фамилия Алдабаев — один из тех случаев, когда родовое имя прямо говорит о порядке рождения предка. В основе фамилии лежит тюркское составное имя Алдабай (встречается и вариант Алдобай). Оно образовано от двух корней: «алдан» (в некоторых диалектах — «алда») и «бай». Первая часть восходит к значению «первенец», а вторая — традиционный тюркский титул «бай», то есть «господин», «повелитель», «богатый». В целом имя Алдабай можно перевести как «первенец-господин» или «старший бай».

Скорее всего, так называли первого, долгожданного сына в семье. У тюркских народов имена, указывающие на очередность рождения, были распространены: имя Алдан (или Алда) прямо обозначало «первый ребенок». Присоединение компонента «бай» подчеркивало значимость и статус этого ребенка для рода.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Алдабай добавили фамильный суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Так потомки человека по имени Алдабай стали Алдабаевыми. Встречающееся написание через «о» — Алдобаев — объясняется диалектными особенностями произношения в разных тюркских языках: чередование «а/о» в первом слоге не меняет смысла основы.

Суффикс -ев указывает на то, что фамилия закрепилась в русской среде в тот период, когда активно шла русификация тюркских имен (примерно с XVI–XVII веков). В отличие от фамилий на -ин или -ский, модель на -ов/-ев была самой массовой и охватывала большую часть тюркских заимствований в русском ономастиконе.