Фамилия Алексеенков — из числа тех, что образованы от крестильного имени Алексей (с древнегреческого — «оберегающий»). Но ключевая деталь здесь не столько в основе, сколько в суффиксальной модели. В отличие от привычных Алексеев или Алексеенко, в фамилии Алексеенков сразу два суффикса: украинский или южнорусский -енк- (уменьшительно-патронимический, означающий «маленький», «сын») и русский -ов, который добавляет притяжательность. Такая двойная форма — «сын Алексея» + «чей?» — встречается реже и указывает на то, что фамилия могла сложиться на стыке двух культурных традиций.

Скорее всего, предок носителя фамилии был записан как Алексеенко (в среде украинского или южнорусского казачества, где такие формы были нормой), а при переселении в великорусские губернии или при переходе в другое сословие фамилию «обрусили», добавив окончание -ов. Это типичная история для фамилий, которые фиксировались в документах XVIII–XIX веков, когда крестьян и мещан массово вносили в ревизские сказки, и писарь мог переделать «Алексеенко» в «Алексеенков» по аналогии с местными фамилиями на -ов.

Географически фамилия Алексеенков тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также в Ростовской — то есть в зоне, где смешивались украинские и русские говоры. Если искать однокоренные параллели, то Алексеенков стоит в одном ряду с Алексеенко, Алексеевым, Алексахиным, Алексашиным — все они от одного имени, но каждая фамилия несёт свой отпечаток региона и времени.

Самого имени Алексей в святцах много, оно было популярно в крестьянской и купеческой среде, поэтому сословной исключительности у фамилии нет: Алексеенковы могли быть и вольными хлебопашцами, и однодворцами, и мещанами. Спорных версий происхождения здесь почти не возникает — корень прозрачный, а модель образования хорошо изучена в работах Б. Унбегауна, который отмечал, что фамилии на -енков характерны для южнорусского пограничья и часто возникали из украинских форм с последующей русификацией.