Фамилия Алексеенкова — одна из тех, что прямо говорят о предке: в её основе лежит крестильное мужское имя Алексей. С древнегреческого оно переводится как «оберегающий», что придаёт фамилии не только ясное происхождение, но и неожиданно тёплый, защитный смысл.

Однако важнее здесь не столько имя, сколько суффикс, по которому сразу видно географию и социальный слой. Фамилия образована по украинской или белорусской модели: к основе добавили суффикс -енко, который в этих землях означал «сын» или «потомок». В центральных и северных областях России такого человека назвали бы Алексеевым, а на юго-западе, в Малороссии, он становился Алексеенко. Женская форма Алексеенкова закрепилась, когда носитель фамилии перебрался в великорусские губернии: там окончание -а стало указывать на принадлежность к роду, а позже — и на замужнюю женщину.

Скорее всего, основатель рода Алексеенковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В XVIII–XIX веках фамилии на -енко в основном носили казаки, мещане и государственные крестьяне южных регионов. Дворянство предпочитало модели на -ов/-ев или -ский, поэтому Алексеенковы изначально принадлежали к простонародью. Со временем, с миграциями в промышленные центры, фамилия распространилась шире, но её корни остались в тех краях, где имя Алексей было одним из самых распространённых, а суффикс -енко — самым естественным способом сказать «чей сын».

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Алексеенкова стоит в ряду Алексеев, Алексашин, Алексеенко — и выделяется именно своим южнорусским или украинским происхождением. Встречаются варианты написания Алексеенков (мужская форма) и Алексеенко (без окончания), но женская форма Алексеенкова уже давно воспринимается как самостоятельная фамилия, а не только как производная от мужской.