Фамилия Алексенкова прошла через два языковых фильтра: украинский и русский. В основе лежит имя Алексей (от древнегреческого «защитник, заступник»), а первая ступень образования — типично украинская модель с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «младший родственник». Алексенко — буквально «маленький Алексей» или «потомок Алексея». Позже, когда носители фамилии оказались на великорусских территориях, произошла её русификация: добавился суффикс -ов, закрепивший женскую форму Алексенкова. Так фамилия обрела двойную огласовку: украинскую сердцевину и русское окончание.

На Руси имя Алексей было окружено особым почитанием. В народном сознании оно ассоциировалось с защитой и заступничеством — считалось, что святой покровитель имени оберегает человека от бед. Поэтому Алексенковы, скорее всего, происходили из семей, где это имя передавалось из поколения в поколение. По сословной принадлежности предки могли быть как казаками (среди запорожских и малороссийских реестров фамилии на -енко встречаются сплошь и рядом), так и крестьянами, получившими фамилию при переписях уже после переселения в центральные губернии.

Словообразовательная модель здесь необычна тем, что суффикс -ов присоединился к уже готовой украинской основе, а не к имени напрямую. Это отличает Алексенкова от фамилий вроде Алексеев (образованных сразу от полной формы имени) или Алексанов (от краткой). Географически фамилия тяготеет к южным и центральным регионам России — Курской, Воронежской, Белгородской областям, где исторически смешивались украинское и русское население. Встречается она и на Кубани, куда переселялись черноморские казаки.

Более редкая версия связывает фамилию не с крестильным именем, а с прозвищем Алексеня — так в некоторых говорах называли рассеянного, «оберегающего» не столько других, сколько самого себя от хлопот человека. Однако эта гипотеза уступает основной по убедительности: массовый характер фамилии и её прозрачная связь с именем Алексей говорят сами за себя.