Фамилия Алексеницер — редкий случай, когда географическое происхождение и семейная принадлежность закрепились в одном слове с помощью необычного суффикса. Её основа — прозвище Алексенец, которое давали человеку, пришедшему из одного из многочисленных селений с названием Алексино. Такие деревни и сёла разбросаны по всей России: от Старорусского района Новгородской области до Сычёвского и Дорогобужского районов Смоленщины, от Переславского района Ярославской области до Савинского района Ивановской. Топоним Алексино, в свою очередь, образован от крестильного имени Алексей (с древнегреческого — «защитник, заступник»), так что в основе фамилии лежит имя, популярное на Руси.

Главная особенность фамилии — суффикс -ер. В русских фамилиях он встречается редко и чаще всего указывает на принадлежность к роду или семье. В данном случае он работает как собирательный: Алексеницер — это «тот, кто из рода Алексениц». То есть прозвище Алексенец (житель Алексина) со временем породило фамилию, которая закрепилась за потомками. Такая модель образования — от топонима через личное прозвище с последующим наращением -ер — нетипична для восточнославянской ономастики, где чаще используют суффиксы -ов/-ев или -ин. Это может говорить о западном влиянии (например, через польские или немецкие говоры) или о поздней фиксации фамилии в документах, когда стандартные суффиксы уже не были обязательны. Однозначной версии нет, но именно редкий суффикс делает эту фамилию ценной для этимолога: она выбивается из привычных рядов, а значит, её носители могли происходить из мест, где фамилии складывались по собственным, локальным правилам.