Фамилия Алексей — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не профессия, а полное личное имя. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий (Иванов, Петров, Сидоров), образованных от обиходных форм, здесь закрепилась полная форма имени. Имя Алексей восходит к древнегреческому «алексиос» — «защитник», «заступник», «оберегающий». Такое прямое, без уменьшительных суффиксов, заимствование имени в фамилию встречается редко и обычно указывает на определённый социальный контекст.

Скорее всего, основатель рода был человеком из привилегированного сословия. В среде крестьян и посадских людей фамилии чаще образовывали от разговорных вариантов: Алёшин, Лёшин, Олексин. Фамилия же Алексей, без типичного для русского уха суффикса -ов/-ев, звучит как застывшая форма родительного падежа или просто имя, ставшее фамилией без изменений. Такая модель была распространена в среде духовенства и дворянства, где ценили книжную, полную форму имени. Священники при поступлении в семинарию нередко получали фамилии по именам святых, и «Алексей» мог быть одним из таких искусственных, «благозвучных» вариантов.

Если разбирать словообразовательную модель, то в фамилии Алексей нет привычного патронимического суффикса. Это так называемая «фамилия-имя» или «фамилия в именительном падеже». По сути, это архаичная конструкция, где имя собственное перешло в разряд родового прозвания без дополнительных морфем. В современном русском языке такая форма воспринимается как несклоняемая, хотя исторически она могла склоняться по падежам как обычное существительное мужского рода.

Географически фамилия встречается не повсеместно. По данным переписей, она более характерна для центральных и северных регионов России, где была сильна традиция книжных, церковных фамилий. В южных и восточных областях чаще фиксировались производные формы. Поскольку фамилия редкая, её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких локальных родов, а не из массового крестьянского прозвания.

В ономастических трудах (например, в работах В. А. Никонова) отмечается, что фамилии, совпадающие с полными именами, часто возникали в среде, где ценилась грамотность и следование церковному канону. Это ещё одно косвенное подтверждение версии о духовном или дворянском происхождении. В любом случае, фамилия Алексей — не про «сына Алексея», а про самого Алексея, ставшего родоначальником по имени, а не по отчеству.