Основой фамилии Алекснин послужило церковное имя Алексня. Имя Алексня является производной формой крестильного имени Алексей. В переводе с древнегреческого имя Алексей означает «оберегающий». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Алексня, со временем получил фамилию Алекснин.