Фамилия Алекснины образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Алекснин, то есть сын, потомок человека по имени Алексня. В основе лежит не полное церковное имя, а его обиходная, разговорная форма — Алексня.

Алексня — это производное от крестильного имени Алексей. В древнегреческом языке, откуда имя пришло на Русь, оно означало «оберегающий», «защитник». Такие сокращённые формы (Алексня, Олекся, Лекса) были в ходу в крестьянской и посадской среде: полное имя звучало слишком торжественно для повседневного общения, а в быту человека звали проще. Со временем отчество или прозвище, закреплённое за главой семьи, перешло к детям и внукам как фамилия.

Точное время и место возникновения фамилии Алекснины установить сложно — процесс фамилизации на Руси растянулся на несколько столетий, с XV по XVIII век. Однако по модели образования (суффикс -ин от имени на -я) можно уверенно отнести её к числу старых русских фамилий. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён на твёрдый согласный, вариант на -ин характерен для основ, оканчивающихся на -а или -я. Это делает Алексниных близкими «родственниками» таким фамилиям, как Федин, Ерёмин или Ванькин.

Встречается фамилия в разных регионах, но особенно часто — в областях, где было распространено «акающее» произношение, что отразилось на написании: в старых документах можно найти варианты Олекснин или Алекснин с одной «н». Сегодня фамилия Алекснины — не просто семейное имя, а живое свидетельство того, как церковное имя Алексий превратилось в домашнее Алексня, а затем закрепилось в официальном родовом прозвании.