Фамилия Алексины образована от имени собственного и относится к распространённому типу русских фамилий. Её основа — церковное имя Алексей, которое в переводе с древнегреческого означает «оберегающий». Модель образования проста и типична: к основе имени (Алекс-) добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Такой суффикс в русских фамилиях чаще всего означает «чей?» — то есть Алексин буквально «сын Алексея» или «человек из рода Алексея». Это одна из самых частых словообразовательных схем в русской ономастике, наряду с фамилиями на -ов/-ев.

Существует и другая версия, менее правдоподобная, но всё же заслуживающая упоминания: связь фамилии с топонимом Алексин — городом в Тульской области. Впервые в письменных источниках этот город упоминается в Никоновской летописи под 1348 годом: «…князь Темир Ординский приходи ратью ко граду Олексину святыго чудотворца Петра, митрополита Киевского и всея Руси, и посад пожже…». Однако для фамилий на -ин гораздо естественнее происхождение от личного имени, чем от названия города: топонимические фамилии обычно образуются с помощью суффиксов -ский/-цкий (например, Алексинский). Версия с городом возможна, если предок получил прозвище по месту жительства — «алексинец», но тогда фамилия скорее закрепилась бы как Алексинцев.

История самого города Алексина насыщена событиями, которые могли бы повлиять на распространение фамилии, но не на её происхождение. В 1472 году хан Ахмат подошёл к деревянной крепости. Алексинцы самоотверженно оборонялись: как пишет историк С. Соловьёв, «граждане храбро оборонялись и погибли много татар. Скоро, однако, нечем стало более обороняться, не осталось ни стрелы, ни копья». За два дня битвы Иван III успел выслать войска для защиты Москвы. К началу 50-х годов XVII столетия в Алексине проживало всего около 450 человек. В 1728 году близ города на реке Мышеге братья Мосоловы построили первый железоделательный завод (ныне «Тяжпромарматура»). Активное развитие началось в XIX—XX веках, когда город стал центром лесопильной и металлургической промышленности, а также после строительства железной дороги Калуга — Тула в середине XIX века.

Несмотря на яркую историю города, о точном месте и времени возникновения самой фамилии Алексин говорить сложно: процесс формирования русских фамилий был длительным и шёл в разных слоях общества неравномерно. Ясно одно: фамилия Алексин (и её форма множественного числа Алексины) — это замечательный памятник славянской письменности и культуры, в основе которого лежит древнее крестильное имя, а не городская крепость.