Основой фамилии Алекснина послужило церковное имя Алексня. Имя Алексня является производной формой крестильного имени Алексей. В переводе с древнегреческого имя Алексей означает «оберегающий». Скорее всего, основатель рода Алексниных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Алексня, со временем получил фамилию Алекснин.