Фамилия Аленикова — женская форма фамилии Алеников, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем Алена. Вопреки распространённому предположению, корень здесь не от «олень»: основа фамилии восходит к разговорной форме канонического имени Алексей. На Руси имя Алексей в быту превращалось в Алёша, Алёха, а затем и в Алёна — так называли не только женщин, но и мужчин. В старину Алена — это уменьшительное от Алексей, а не женское имя. Соответственно, Алеников — сын или потомок человека по прозвищу Алена.

Суффикс -иков в этой фамилии заслуживает отдельного внимания. Он встречается реже, чем привычные -ов или -ин, и указывает на принадлежность через форму родительного падежа: «чей?» — Алеников. В ономастике такие фамилии считаются более поздними по образованию: они могли возникнуть в среде крестьянства или посадских людей, когда требовалось точнее обозначить родство. По модели Алеников — это фамилия, параллельная более распространённой Алёшин, но с другим суффиксальным оформлением. В некоторых говорах суффикс -ик добавляли к именам на -а, чтобы подчеркнуть уменьшительно-ласкательный оттенок: Алёна → Аленик → Алеников.

Географически фамилия Алеников (и её женская форма) чаще всего встречается в северных и центральных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях. Там имя Алёна как мужское прозвище было особенно употребительно. Встречается фамилия и у старообрядцев, которые нередко сохраняли архаичные формы имён. Сословно носители фамилии в основном были крестьянами или мещанами: дворянских родов Алениковых в исторических источниках не зафиксировано, что подтверждает «народное» происхождение фамилии.

Таким образом, Аленикова — не редкая, но нестандартная по суффиксу фамилия, образованная от уменьшительного мужского имени Алена, то есть Алексея. Предки носительницы этой фамилии, скорее всего, жили на Русском Севере и носили прозвище, которое для нас сегодня звучит как женское имя, а для них было обычным обращением к мужчине.