Фамилия Аленников — одна из тех, чья история сплетается из двух возможных нитей, и обе ведут к личным именам. Чаще всего её связывают с церковным именем Алексей (от греческого «помощник, заступник») или с именем Александр («защитник людей»). Однако прямой путь от этих имён к фамилии идёт не напрямую, а через уменьшительную или народную форму. В разговорной речи на Руси Алексея и Александра могли называть Оленем или Аленем — такое прозвище и легло в основу. Под влиянием «аканья», распространённого в южнорусских и белорусских говорах, начальное «о» в прозвище заменилось на «а», и Олень превратился в Аленя.

Сама фамилия Аленников — редкий пример словообразовательной модели с суффиксом -ник. В русских фамилиях этот суффикс встречается нечасто и обычно указывает на принадлежность к определённому роду занятий или на прозвище человека. В данном случае он мог означать «сын Алена» или «человек из рода Алена». Характерно, что фамилии на -ник чаще возникали на территориях Украины и Белоруссии. Скорее всего, род Аленник сформировался именно там, а при переселении в центральную Россию фамилия обросла типичным русским суффиксом -ов, закрепившись в форме Аленников. Таким образом, окончательный вариант фамилии — это результат адаптации западнорусской или украинской основы к великорусской модели.

Стоит отметить, что в некоторых говорах слово «олень» могло быть прозвищем не только по имени, но и по внешнему сходству или по повадкам — например, так называли стройного, быстрого или пугливого человека. Однако для фамилии Аленников эта версия менее вероятна: прозвище от названия животного в русских фамилиях обычно давало формы вроде Оленев, а не Аленников. Поэтому антропонимическая версия — от имён Алексей или Александр через народную форму Ален — остаётся основной и наиболее убедительной.