Фамилия Алеперов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет суффикса, который сразу указал бы на географию или социальный слой: окончание -ов стандартно для русских фамилий, но основа Алепер- выбивается из привычного ряда. Это почти наверняка указывает на заимствованную или переосмысленную основу, которая пришла в русскую среду из тюркского языка.

Скорее всего, в основе лежит тюркское имя или прозвище Алып-ер, что буквально означает «богатырь-мужчина» или «могучий человек». Слово «алып» (алп, алып) в тюркских языках — это богатырь, герой, силач. «Ер» — мужчина, муж, воин. Таким образом, Алыпер — прозвище физически сильного, уважаемого или воинственного человека. При переходе в русскую среду «ы» могло редуцироваться до «е» (Алепер) или остаться в виде «и» (Алиперов), но написание «Алеперов» фиксирует именно этот вариант адаптации.

Менее вероятна, но возможна версия от арабского имени Али (высокий, возвышенный) в сочетании с персидским «пер» (обладающий, имеющий). В таком случае Алепер — это «обладающий высотой» или «возвышенный», что тоже могло стать личным именем. Однако тюркская версия с «алып» выглядит правдоподобнее, потому что подобные сложные имена (например, Алп-Арслан, Алп-Тегин) широко известны в тюркской ономастике.

Фамилия Алеперов могла сформироваться в среде крещёных татар, башкир или других тюркских народов, принявших православие и получивших фамилию по имени или прозвищу родоначальника. Встречается она в основном в Поволжье и на Урале, но из-за редкости точная география размыта. Носители фамилии, скорее всего, потомки людей, которых в своё время прозвали «богатырём» — не обязательно военным, возможно, просто крепким хозяином или кузнецом.