Фамилия Алеперов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Стандартный русский суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), но основа Алепер- явно заимствована. Она почти наверняка восходит к тюркскому прозвищу или имени Алып-ер, что буквально означает «богатырь-мужчина» или «могучий человек». «Алып» (алп) в тюркских языках — это герой, силач, а «ер» — мужчина, муж, воин. Так могли прозвать физически сильного, уважаемого или воинственного человека. При переходе в русскую среду «ы» редуцировалось до «е», закрепив написание «Алеперов» (встречается и вариант «Алиперов»).

Менее вероятна версия от арабского имени Али («высокий») в сочетании с персидским «пер» («обладающий»), что дало бы значение «возвышенный». Однако тюркская версия убедительнее: составные имена вроде Алп-Арслан или Алп-Тегин — распространённая модель в тюркской ономастике, а вот арабо-персидская конструкция для личного имени нетипична.

Фамилия могла сформироваться в среде крещёных татар, башкир или других тюркских народов Поволжья и Урала, принявших православие и получивших фамилию по прозвищу родоначальника. Из-за редкости точная география размыта, но основные следы ведут именно в этот регион. Носители фамилии — скорее всего, потомки человека, которого в своё время прозвали «богатырём»: не обязательно воина, возможно, просто крепкого хозяина или кузнеца.