Фамилия Алепко — одна из тех, где сразу бросается в глаза суффикс -к-. В русской и украинской ономастике он часто указывает на уменьшительную или обиходную форму имени или прозвища. В данном случае основа «Алеп-» почти наверняка восходит к крестильному имени Алексий (в просторечии — Алексей). Через цепочку народных переделок — Алеха, Алёпа, Алёпка — и возникла фамилия Алепко. Суффикс -ко особенно характерен для украинской и южнорусской традиции: он закрепился как уменьшительно-ласкательный, а позже стал фамильным.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с прозвищем от прилагательного «алый» или глагола «алеть». Но тогда мы бы ожидали форму типа Алёпко (с ударением на корень) или Алёпкин. Фамилия Алепко, скорее всего, несёт ударение на последний слог (Алепко́), что типично для украинских фамилий на -ко, образованных от имён. Поэтому версия с именем Алексий — основная и самая логичная.

С точки зрения географии, фамилия Алепко редкая и сосредоточена в основном на юге России и в восточных областях Украины. Встречается в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в Запорожской и Харьковской областях. Это говорит о том, что носители фамилии — потомки выходцев из украинских губерний, которые расселялись в XIX — начале XX века.

Социально фамилия Алепко не указывает на дворянское происхождение. Форма на -ко в малороссийских землях была массовой у крестьян, казаков и мещан. Предок, получивший это прозвище, мог быть просто младшим в семье или человеком, которого в быту звали уменьшительно — Алёпка. Никаких сложных ремесленных или географических отсылок в фамилии нет, зато есть живая связь с древним именем Алексий, которое носили многие поколения.