Фамилия Алепин — одна из тех, где исходное слово почти исчезло из языка, а фамилия осталась. Сразу скажем: она не связана с географическим названием Алеппо (город в Сирии), хотя такое предположение иногда возникает. Русские фамилии с корнем «алеп-» появились задолго до того, как сирийский топоним стал широко известен в России.

В основе фамилии лежит древнерусское слово «алепа», которое означало «заика» или «косноязычный». В словарях Даля и других лексикографов фиксируется прилагательное «алепый» — косноязычный, невнятно говорящий. Прозвище Алепа давали человеку с дефектом речи. От него через патронимический суффикс -ин и возникла фамилия Алепин: «чей?» — сын Алепы. Суффикс -ин в данном случае указывает на принадлежность к конкретному лицу, а не на происхождение от места.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: прозвище на -а (Алепа) → притяжательное прилагательное с -ин (Алепин сын) → закрепление фамилии за потомками. Аналогично образованы фамилии Косин (от «коса»), Кривин (от «кривой»), Губин (от «губа»). В этом ряду Алепин стоит особняком из-за редкости исходного корня — слово «алепа» уже в XIX веке воспринималось как устаревшее и диалектное.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией в Вятской и Архангельской губерниях. Социальный состав — в основном крестьянство и мещанство, реже духовенство. Дворянских родов Алепиных в «Бархатной книге» и других родословных сборниках не значится.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от имени Алепа как варианта канонического имени Алексий (Алексей) в народной огласовке. Но прямых лингвистических подтверждений этому нет — переход «кс» в «п» в русской антропонимии нетипичен. Поэтому основным остаётся прозвищное происхождение от диалектного слова, обозначавшего речевую особенность.