Фамилия Алегин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Она образована по одной из самых распространённых русских моделей: с помощью суффикса -ин, который присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я. Значит, в основе фамилии лежит имя или прозвище Алега. Вот здесь и начинается главная загадка.

Самая правдоподобная версия связывает Алегу с просторечной формой канонического крестильного имени Алексей. В народе Алексея могли называть Алёхой, Алёшей, а в некоторых говорах — Алёгой. Переход «х» и «ш» в «г» — явление нечастое, но встречающееся в диалектах, особенно на севере и в центральной России. Таким образом, Алегин — это «сын Алёги», то есть потомок Алексея. Подтверждает эту версию и существование фамилии Алёгин, которая встречается чаще и чьё происхождение от имени Алексей сомнений не вызывает.

Вторая, менее вероятная гипотеза, отталкивается от слова «алый» — ярко-красный. В этом случае Алегой могли прозвать человека с румяным лицом, рыжими волосами или того, кто любил одеваться в красное. Однако фонетический переход «алый» → «Алега» нестандартен: обычно от этого прилагательного образовывали прозвища Алой, Алов, Алый, а не Алега. Поэтому версия с именем Алексей выглядит убедительнее.

Географически фамилия Алегин привязана к югу России и Поволжью. По данным переписей и архивных записей, наибольшая концентрация носителей фиксируется в Волгоградской, Ростовской и Воронежской областях. Это согласуется с диалектной зоной, где форма Алёга могла быть употребительна.

Фамилия не имеет отношения к дворянству или известным историческим родам. Скорее всего, предки Алегиных — крестьяне или мещане, получившие фамилию по имени отца в XIX веке, когда фамилии закреплялись за сельским населением окончательно.