Фамилия Аликсээнко — редкий случай, когда украинская модель образования наложилась на имя, которое в славянской среде почти не встречается. Основа здесь — Аликсэй, вариант имени Алексей, записанный через «икс». Такое написание выдает носителя, который слышал имя от людей, говоривших на языке, где «х» звучит тверже и ближе к греческому «χ» (хи). В русском и украинском языках это имя традиционно передавалось как Олексій или Алексей, а форма Аликсэй — скорее южнославянский или диалектный след, возможно, от болгарского или сербского произношения.

Суффикс -енко — типичный украинский патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок». В XVII–XVIII веках такие фамилии массово закреплялись за казаками и крестьянами Левобережной Украины, а позже — за переселенцами на Кубань и в южные губернии России. Таким образом, Аликсээнко — «сын Аликсэя». Если бы фамилия возникла в центральной России, она звучала бы как Алексеев; украинский вариант сохранил исходное имя в менее привычной огласовке.

Географически фамилия почти не встречается за пределами Украины и юга России. В современных базах данных носители Аликсээнко фиксируются в основном в Харьковской, Сумской и Донецкой областях, а также в Краснодарском крае. Это указывает на то, что предки, скорее всего, были выходцами из Слобожанщины или Приазовья — регионов, где украинские фамилии на -енко получили наибольшее распространение в XIX веке.

С точки зрения социального контекста, фамилия не дворянская. Патронимы на -енко в Российской империи почти всегда принадлежали непривилегированным сословиям: казакам, государственным крестьянам, мещанам. Если бы род имел шляхетское происхождение, фамилия скорее закончилась бы на -ский (Алексеевский) или -ович (Алексеевич). Поэтому предки носителя фамилии Аликсээнко с высокой вероятностью были простыми людьми, возможно, связанными с земледелием или казачьей службой.

Интересная деталь: написание через «э» (Аликсээнко, а не Аликсєєнко) — калька с украинского правописания до реформы 1920-х годов, когда мягкость согласных перед «е» часто передавали через «э». Современный украинский язык использует букву «є», но старая орфография сохранилась в фамилиях как архаизм. Это делает Аликсээнко не просто патронимом, а лингвистическим документом, зафиксировавшим переходный период в украинской письменности.