Фамилия Алилаев — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Перед нами типичная русская фамилия на -ев, которая образуется от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или [й]. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Алилаев, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Алилай. Сама же основа явно тюркского или кавказского происхождения, что неудивительно для фамилий, возникших в регионах активного русско-тюркского пограничья.

Вероятнее всего, в основе лежит мужское личное имя Алилай. Оно могло быть составным: первая часть — Али (арабское «возвышенный», одно из имён Аллаха и зятя пророка Мухаммеда), вторая — суффикс или уменьшительная форма -лай, распространённая в тюркских языках (например, кумыкском, ногайском, татарском). Таким образом, Алилай — это ласкательное или уважительное производное от имени Али. В русскую традицию фамилия попала через метрические записи или ревизские сказки, где тюркское имя оформили по русской модели: Алилай → Алилаев.

Менее правдоподобна, но возможна версия от прозвища. В тюркских языках есть слово «алай» — толпа, скопище, отряд (ср. крымскотатарское «алай»). Если к нему добавить арабский артикль или имя Али, получится «Али алай» — «Али-толпа» или «Али из отряда». Но имя Алилай встречается как антропоним у кумыков и ногайцев, что делает первую версию основной.

Географически фамилия Алилаев тяготеет к Северному Кавказу и Нижнему Поволжью — территориям, где веками жили кумыки, ногайцы и татары. В документах XIX века такие фамилии фиксировались у казаков и крестьян-однодворцев, которые несли службу на южных рубежах России. Сословный состав предков мог быть разным: от служилых татар до горских народов, принявших православие или оставшихся мусульманами, но записанных в русские ревизские сказки.

Фамилия сохранила в себе след межэтнического контакта: арабское имя, тюркский суффикс и русское патронимическое окончание. Она не имеет отношения к библейским или славянским корням, а её носители, скорее всего, происходят из среды, где смешивались тюркские и кавказские традиции.