Фамилия Алимгужин — один из тех случаев, когда русская фамильная модель бережно сохранила полное тюркское двусоставное имя. Она образована по классическому образцу: к основе Алимгужа добавили суффикс принадлежности -ин, который в русском языке присоединяется к словам на -а, -я. Родоначальник был известен в общине как Алимгужа, а его потомки стали «детьми Алимгужи» — то есть Алимгужиными.

Само имя Алимгужа составное, арабо-тюркское. Первая часть, «Алим», восходит к арабскому корню со значением «знающий», «учёный», «мудрец». В исламской традиции это один из эпитетов Аллаха (аль-Алим — Всезнающий) и распространённый компонент личных имён, указывающий на стремление к знаниям. Вторая часть, «гужа», — тюркская форма слова «ходжа» (хозяин, господин, наставник, почётный титул для купцов или духовных лиц). Вместе имя Алимгужа означает «мудрый хозяин» или «учёный наставник».

Форма «гужа» вместо «ходжа» — характерная диалектная черта башкирского и татарского языков. В башкирской ономастике фамилия Алимгужин зафиксирована, что подтверждает её региональную привязку к Урало-Поволжью. За пределами этого региона фамилия почти не встречается, что делает её довольно редкой. Предок, носивший имя Алимгужа, скорее всего, был уважаемым человеком в своей среде — сельским учителем, муллой, зажиточным торговцем или просто человеком, известным мудростью и авторитетом.

Фамилия не подверглась дальнейшей русификации (например, не перешла в Алимгужев), потому что суффикс -ин уже полностью «обрусел» исходное тюркское имя. Иногда встречается написание через дефис (Алим-Гужин), но это, вероятно, канцелярская ошибка или поздняя фиксация — исходное имя писалось слитно.