Фамилия Алимгужин — яркий пример того, как в русской фамилии сохранилось полное тюркское двусоставное имя. Она образована по классической русской модели с суффиксом принадлежности -ин, который присоединялся к основам на -а, -я. В данном случае основа — Алимгужа. Суффикс указывает на то, что родоначальник был известен в своей общине как «Алимгужа», а его потомки стали Алимгужиными — то есть «дети Алимгужи».

Само имя Алимгужа — это составное арабо-тюркское образование. Первая часть, «Алим», восходит к арабскому корню с значением «знающий», «учёный», «мудрец». В исламской традиции это один из эпитетов Аллаха (аль-Алим — Всезнающий), а также распространённый компонент личных имён, указывающий на стремление к знаниям. Вторая часть, «гужа», — это тюркская форма слова «ходжа» (хозяин, господин, наставник, а также почётный титул для купцов или духовных лиц). Таким образом, имя Алимгужа буквально означает «мудрый хозяин» или «учёный наставник».

Вероятнее всего, фамилия Алимгужин имеет башкирское или татарское происхождение. В этих тюркских языках форма «гужа» (вместо «ходжа») является характерной диалектной чертой. Кроме того, в башкирской ономастике зафиксирована фамилия Алимгужин, что подтверждает её региональную привязку. Предок-носитель этого имени мог быть уважаемым человеком в своей среде — сельским учителем, муллой, зажиточным торговцем или просто человеком, известным своей мудростью и авторитетом.

Стоит отметить, что фамилия не получила широкого распространения за пределами Урало-Поволжья, что делает её довольно редкой. Она не подверглась дальнейшей русификации (например, не перешла в Алимгужев), так как суффикс -ин уже полностью «обрусел» исходное тюркское имя. Встречаются варианты написания через дефис (Алим-Гужин), но это, скорее, результат канцелярской ошибки или поздней фиксации, так как исходное имя писалось слитно.